Fundado no dia 27 de setembro de 1958, o clube testemunhou a vida social e esportiva de Navegantes desde que o município foi criado (1962).

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Fundado por um grupo de amigos fanáticos por futebol, o grupo “Vai ou Racha” permaneceu com este nome até 1966. O grupo decidiu que a comunicação entre eles seria o assobio da música do filme “A Ponte do Rio Kwai” como uma maneira de se comunicar. Quando uma pessoa ia a casa de alguém, ou se encontrava em uma das margens do Rio Itajaí-Açú à noite, ela assobiava. Através do som da música do filme sabíamos que era um dos integrantes do "Vai ou Racha".

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Segundo Guilherme José Palumbo (sócio fundador), o Navemar surgiu depois que o grupo do “Vai ou Racha” se separou. Cada um foi cuidar da sua vida em outras cidades e daí em diante foi criado o Clube Navemar.

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Com esta mudança, além do futebol, as atividades sociais começaram a fazer parte da vida do clube. O Baile de Carnaval, mais conhecido como “Azul e Branco” tornou-se referencia na Região. O Baile de Debutantes, completando 38 edições, resiste às mudanças, e ainda é realizado, mantendo viva uma das tradições da sociedade.

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Em 1999, com o incremento do número de sócios foi possível fazer o 1º campeonato interno do clube. No inicio, com poucos times e uma única categoria a dos "peladeiros”, independente de idade.

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Com o passar do tempo, e com melhorias contínuas, o campeonato foi dividido em duas categorias: “novos e veteranos”. Atualmente são realizados 2 campeonatos por ano. O campeonato de verão e o de inverno, contemplando as duas categorias. O Campeonato deste ano conta com 8 equipes na categoria “novos” e 5 equipes na categoria “veteranos”, integrando 182 atletas entre titulares e dependentes. As rodadas são realizadas aos sábados (novos), segundas (veteranos) e quando necessário, nas quartas feiras.

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O Clube oferece a seus sócios, uma estrutura física, localizada em uma área de 25.000,00 m2, contendo: portaria, secretaria, 2 salões de festas, bar, sauna, piscina semiolímpica, cancha de bocha, campo de futebol sintético, 2 quadras de tênis e  2 campos de futebol suíço.

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Para desfrutar melhor da infraestrutura do clube, existem os grupos de feirinos, que a cada dia da semana se reúnem no clube para bater uma bolinha, bater um papo descontraído, e logicamente tomar uma cervejinha para manter a forma.

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